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目前我国番茄田间主要病虫害有病毒病、早疫病、青枯病、枯萎病、晚疫病、叶霉病、灰霉病、溃疡病；蚜虫、棉铃虫、潜叶蝇、茶黄螨、白粉虱。
对于番茄病虫害的防治，应按照“预防为主，综合防治”的植保方针，坚持以“农业防治、物理防治、生物防治为主，化学防治为辅”的无害化控制原则。
农业防治就是针对当地主要病虫害控制对象，选用高抗多抗的品种；要实行严格轮作制度，与非茄科作物轮作3年以上，有条件的地区应实行水旱轮作；深沟高畦，覆盖地膜；培育壮苗，提高抗逆性；测土平衡施肥，增加充分腐熟的有机肥，少施化肥，防治土壤富营养化；清洁田园。通过这些手段，可以大大减少病虫害的发生。
物理防治就是采用物理的方法如覆盖银灰色地膜驱避蚜虫、黄板诱虫、温汤浸种等方法以防止或减轻番茄病虫害的发生。
生物防治就是一种利用病虫害的天敌将已发生的病虫害消灭掉，因此我们应该积极保护利用天敌。另一种是利用生物药剂，如采用病毒、线虫等防治病虫害及植物源农药如藜芦碱、苦参碱、印楝素等和生物源农药如齐墩螨素、农用链霉素、新植霉素等生物农药防治病虫害。
原则上在整个番茄病虫害防治过程中，化学防治应该为辅。而且采用化学防治的时候还应考虑所使用药剂的类型和剂量，因为过量或操作不当就会导致农药在果实中残留增多，生产出的番茄产品就不符合无公害番茄产品的要求。
对于无公害番茄露地生产而言，应该严格控制农药用量和安全间隔。主要病虫害防治的选药用药技术如下：
猝倒病：用64%恶霜灵＋代森锰锌550倍喷雾，安全间隔期3天。
立枯病：用72.2%霜霉威水剂800倍喷雾，安全间隔期5天。
灰霉病：用50%腐霉利可湿性粉剂1500倍喷雾，安全间隔期1天。或50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍喷雾，安全间隔期4天。
早疫病：用70%代森锰锌500倍喷雾，安全间隔期15天。或75%百菌清可湿性粉剂600倍喷雾，安全间隔期7天。
晚疫病：用40%乙磷锰锌可湿性粉剂300倍喷雾，安全间隔期5天。或72.2%霜霉威水剂800倍喷雾，安全间隔期5天。
叶霉病：用2%武夷菌水剂500倍喷雾，安全间隔期2天。或47%春雷霉素＋氢氧化铜可湿性粉剂800倍液喷雾，安全间隔期21天。
溃疡病：用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍喷雾，安全间隔期3天。
病毒病：用83增抗剂100倍液，苗期、缓苗后各喷一次，安全间隔期3天。
蚜虫：用2.5%溴氰菊酯乳油2000～3000倍喷雾，安全间隔期2天或10%吡虫啉可湿性粉剂2000～3000倍喷雾，安全间隔期7天。
白粉虱：用2.5%联苯菊酯乳油3000倍喷雾，安全间隔期4天。
烟粉虱：用剂10%吡虫啉可湿性粉剂2000～3000倍液，安全间隔期7天。
潜叶蝇：用1.8%齐墩螨素乳油2000～3000倍喷雾，安全间隔期7天。
根据无公害番茄生产要求，在生产过程中主要有下列农药不能使用，它们主要是高毒高残留农药，包括杀虫脒、氰化物、磷化铅、六六六、滴滴涕、氯丹、甲胺磷（3911）、对硫磷（1605）、甲基对硫磷（甲基1605）、内吸磷（1059）、苏化203、杀螟磷、磷胺、异丙磷、氧化乐果、磷化锌、克百威、水胺硫磷、久效磷、三氯杀螨醇、涕灭威、氟乙酰胺、有机汞制剂、砷制剂、西力生、赛力散、溃疡净、五氯酚钠等和其它高毒、高残留农药。国家已严禁使用上述农药，而且作出了一系列规定。
此外，生产上也常听说生理病害，常由逆境的条件引起。主要包括脐腐病、日灼病、畸形果、空洞果、裂果、卷叶、异常肥大茎等现象。因此，在生产过程中，也千万不要忽视生理病害。
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