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司法机关在诉讼中应否回避的问题，在我国三大诉讼法均未提及，<<刑事诉讼法>>、〈〈民事诉讼法〉〉、〈〈行政诉讼法〉〉只有审判人员、检察人员、侦查人员及法院院长、检察长、公安机关负责人回避的规定，对于法院、检察院、公安机关在诉讼中的回避却未作任何规定。仅1998年9月2日最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第18条规定：“有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使
从现代组织的性质与功能上分析，任何组织一经形成，便集合了组织成员的意志代表了组织成员的利益，同时，该组织还具有相对独立于组织成员的自身的意志反映与利益诉求。并且，每一个组织总是有特定的人员或机构加以领导，代表组织意志行事。在民法中，有法人的概念，并由法定代表人参加诉讼；在刑法中，有单位作为犯罪的主体，其主要负责人要对单位犯罪承担相应的刑事责任。法院、检察院、公安机关在履行职能时是公权力机关，是公法人，由院长、检察长、局长领导，在国家机关体系中相对独立、经费单独核算，有其独立的政治与经济利益的诉求。在民事领域，当他们民事主体进入市场后，独立的经济利益更为明显。
而现代回避制度渊源于自然正义的原理“任何人都不能做自己案件的法官”，因为与案件的当事人或与案件有复写关系的人审理案件无法消除人们对于他们审理案件公正性、中立性的怀疑，而只有回避才能体现程序正义。当司法机关及其主要领导或负责人是案件的当事人或与本案有利害关系时，司法机关独立的利益诉求及在主要领导或负责人领导下的机制如何让人们去消除这种合理的怀疑呢？因此，回避制度必须要涉及司法机关回避的的问题。
这种回在笔者看来，要涉及以下三个方面：
一是司法机关是本案的当事人或与本案有利害关系或其他关系可能影响公正处理案件的，当事人有权要求其回避。这里这些组织其实与自然人并无差异，因为它们都有自己的独立利益与诉求。如法院是民事案件的原告、被告或第三人，检察院、公安局是刑事案件的被害人；又如在刑事诉讼中，公安机关或检察院、法院曾与当事人有民事纠纷等等；这些情形下，司法机关都不应审理案件或进行侦查、起诉等司法活动。
二是司法机关的主要领导或负责人是本案的当事人或与本案有利害关系时，当事人有权要求其所在的司法机关回避。因为这些人有实际控制和潜在影响该组织和组织成员的能力，仅仅要求其本人回避是远远不能消除人们对于司法机关办案公正性、中立性的怀疑。
三、是司法机关的成员因为公务行为涉及诉讼时，当事人也有权要求成员所在的司法机关回避。因为公务行为与组织之间有着天然的联系，司法机关处于自身的政治、经济利益可能会作出不利于公正的的趋向。如某法院法官的涉嫌滥用职权罪，如由该法院审理，法院或出于对痛恨该法官破坏法院声誉的考虑，畸重判刑，或出于防止在上级法院及有关机关的考核落后等等因素，畸轻处理甚至宣告无罪。
在涉及司法机关回避的案件中，不仅该司法机关不能参加案件的办理，而且该司法机关管辖下的机关也不能参加案件的办理。此类案件应由该司法机关的上级机关办理或由该司法机关的平级的其他司法机关办理。 [1]
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