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98年仍高达1.29%，超过台湾及较低中等发达国家的平均水平。如此下去，海南将在今后10年内失去其地大物博的优势，而且在发展农业当中土地这个特殊的生产资料一旦丧失了其原有的优势，那么农业就无从谈及其可持续发展。
2.2海南农业资源尤其是土地资源利用率较低。
海南省农村人均占有土地面积是台湾的3倍以上，但海南省农民人均收入水平仅是台湾省的2.59%。耕地“广种薄收，重种轻养”的粗放利用，经营规模小等都是土地低效率利用的主要原因。因不合理开发利用，基础设施薄弱和环境破坏等因素造成的影响，目前海南平均的土地利用率仅为55.2%，宜热作地利用率只有54.6%，宜牧地利用率仅为33.7%，[3]海南土地资源潜力还没有充分发挥出来。
2.3自然环境总体良好，但局部地区水土流失和农业环境污染状况较为严重。
到1997年年底，全省仍有138.21平方公里的水土流失面积，1998年全省平均农药用量为24.3 kg/hm2，远高于荷兰1995年的水平（18.2kg/hm2），加之化肥的不合理使用，更加速了土壤板结、耕地退化。在调查中发现很多山地没有开发，同时水稻的种植缺乏有效管理，一般把稻种播下便等收割，没有太多的过程管理，这也是产量不增，而土地逐年恶化的原因。
2.4农业基础设施建设薄弱，生产工具水平低，对农业资源保护意识不强。
由于长期农业投入不足，海南省的农村电力、农田水利、村庄交通和农业机械设备等总体而言仍不够完善，如全省可灌溉面积占耕地面积比重仅为台湾的1/2左右，农业机械设备水平不及台湾省的2%等。很多农田水利实施早就老化，而没有更新。许多乡村根本没有什么的基础实施，都是靠自然力的制约，如果某年干旱，那就只有等政府的补给了。
2.5海南海洋污染严重，对蓝色农业的可持续发展造成极大影响。
海南省是由众多岛屿及其临近的海域所组成的海岛省份，每个岛屿都是一个相对独立的社会生态经济系统。这些海岛的陆地生态系统处于热带，生态环境价值较高，陆地面积较小，环境容量不大，生态系统较为脆弱，良性循环容易遭受破坏。虽然海南管辖海域面积200多万平方公里，但是“生在海边不识海”的现象相当突出。对大多数海南人来说，除了沙滩，海浪，海天一体的景色以及好吃的海鲜之外，确实就没有什么了解。
海洋污染主要是近海海域在逐渐加剧污染，其污染主要来源于工业企业，农业的种养殖业和交通船运业三个方面。随着海南工业的日益发展，目前海南沿海和许多江河小溪已遭到严重污染，遭到严重污染的主要河流有昌化江、南渡江。万泉河等，如昌化江（石碌河）遭受沿岸的海南铁矿、海南钢铁厂等近二十余家工厂，每天将未经过处理或处理不彻底的废水（含有许多重金属元素和有毒物质）排入昌化江，并直流河口、海区，严重污染海域，破坏水生生物的繁殖生长，致使昌化渔汛生产受到影响。其它江河对海域的污染其情况亦十分类似。由于交通船运业的发展，特别是建省以来船运业得到了飞速发展，沿海港湾的油船和各类机动船的废油大量倾倒人海内、特别是各类机动渔船，倾泻的废机油、柴油的情况是普遍的，所以海洋受石油污染的情况在加剧。鱼类受石油污染后，皮肤粘液腺和皮肤表层会出现不同程度的病变；还损害鱼类眼睛，视力减退影响其生活习性、产孵和成熟；石油及其产物对鱼仔的影响更大，如体形病变扭曲等；石油污染还会造成鱼类饵料生物的大量死亡，从面可以导致某些鱼种的减少或绝迹。由于近海养殖业的发展，特别是高位池养虾也给近海海域造成严重污染，对鱼类资源造成极大威胁。
2.6农村城镇化建设不尽人意，忽略了生态环境建设
南省农村城镇化建设虽然取得了较为可喜的成绩，但与全国较发达地区相比仍然落后很多，主要表现为数量多、土地占用面积大、人口规模小和质量低、土地利用强度低、企业结构不合理和规模不足、就业能力有限、非农乡镇企业集中度小、城镇产业不发达、基础设施相对落后等特点。
2.7农民居住环境极为落后。对农业资源缺乏可持续利用
海南除了各别村庄外，绝大多数的村庄没有下水沟、垃圾场和村里硬路，甚至有的村庄缺少厕所等，严重影响农民身体健康和村庄生态景观。
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